基本信息
源码名称:去除fasta文件中重复的序列(rm_dup.pl)
源码大小:1.02KB
文件格式:.pl
开发语言:Perl
更新时间:2020-12-20
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   源码介绍

# 去除fasta文件中重复的序列
# 用法:perl rmfastadup.pl input,fasta output.fasta


while ((my $seqobj = $infile1->next_seq()))
{

    $rawid = $seqobj -> display_id;
    $seq = $seqobj -> seq;

    #print "ID is $rawid\n";
    #print "Sequence is $seq\n";

    

    if(defined($FIRSTSEQ{$seq}))
    {
        print "Key match with $FIRSTSEQ{$seq}\n";
    
        $dup ;
    }
    else
    {
        $FIRSTSEQ{$seq} = $rawid;
        $total ;
    }
}