基本信息
源码名称:去除fasta文件中重复的序列(rm_dup.pl)
源码大小:1.02KB
文件格式:.pl
开发语言:Perl
更新时间:2020-12-20
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源码介绍
# 去除fasta文件中重复的序列
# 用法:perl rmfastadup.pl input,fasta output.fasta
while ((my $seqobj = $infile1->next_seq()))
{
$rawid = $seqobj -> display_id;
$seq = $seqobj -> seq;
#print "ID is $rawid\n";
#print "Sequence is $seq\n";
if(defined($FIRSTSEQ{$seq}))
{
print "Key match with $FIRSTSEQ{$seq}\n";
$dup ;
}
else
{
$FIRSTSEQ{$seq} = $rawid;
$total ;
}
}